Các CDO khác nhau về cấu trúc và tài sản cơ sở, nhưng nguyên tắc cơ bản là như nhau. Một CDO là một loại chứng khoán được đảm bảo bằng tài sản. Để tạo ra một CDO, một thực thể công ty được dựng lên để nắm giữ tài sản như tài sản thế chấp và bán các gói dòng tiền cho các nhà đầu tư. Một trình tự trong việc xây dựng một CDO là:

• Một thực thể mục đích đặc biệt (SPE) được thiết kế để có được một danh mục đầu tư các tài sản cơ sở. Các tài sản cơ sở phổ biến được nắm giữ bao gồm chứng khoán thế chấp, trái phiếu bất động sản thương mại và các khoản vay doanh nghiệp.
• SPE này phát hành trái phiếu cho các nhà đầu tư để đổi lấy tiền mặt, được sử dụng để mua danh mục đầu tư các tài sản cơ sở. Các trái phiếu được phát hành thành các lớp gọi là các phân ngạch (tranche), mỗi phân ngạch có các đặc điểm rủi ro khác nhau. Các phân ngạch cấp cao được chi trả từ các dòng tiền từ các tài sản cơ sở trước các phân ngạch cấp thấp và các phân ngạch vốn cổ phần. Thua lỗ đầu tiên dành cho các phân ngạch vốn cổ phần, tiếp theo là các phân ngạch cấp thấp, và cuối cùng là các phân ngạch cấp cao.

Một tương tự để nghĩ về dòng tiền từ danh mục đầu tư chứng khoán của CDO (thanh toán vay thế chấp từ các trái phiếu thế chấp) như nước chảy vào ly của nhà đầu tư trong các phân ngạch cấp cao đầu tiên, sau đó tới các phân ngạch cấp thấp, sau đó tới các phân ngạch vốn cổ phần. Nếu phần lớn các khoản thế chấp bị vỡ nợ, không có dòng tiền đủ để rót đầy vào tất cả các ly này và các nhà đầu tư phân ngạch vốn cổ phần phải đối mặt với những thiệt hại đầu tiên.

Rủi ro và hoàn vốn cho nhà đầu tư CDO phụ thuộc trực tiếp vào cách các phân ngạch được xác định, và chỉ gián tiếp phụ thuộc vào các tài sản cơ sở. Đặc biệt, việc đầu tư phụ thuộc vào các giả định và phương pháp được sử dụng để xác định các rủi ro và hoàn vốn của các phân ngạch. Các CDO, như tất cả các chứng khoán được bảo đảm bằng tài sản, cho phép các tổ chức khởi tạo ra các tài sản cơ sở chuyển rủi ro tín dụng sang tổ chức khác hoặc sang các nhà đầu tư cá nhân khác. Do đó các nhà đầu tư phải hiểu cách tính toán rủi ro đối với các CDO.

Tổ chức phát hành CDO, thường là một ngân hàng đầu tư, kiếm được một khoản hoa hồng tại thời điểm phát hành và kiếm được phí quản lý trong cuộc đời của CDO. Khả năng kiếm được khoản phí đáng kể từ các CDO khởi tạo, cùng với sự thiếu vắng của bất kỳ trách nhiệm nào còn lại, làm xiên lệch động cơ của những người khởi tạo về phía khối lượng khoản vay chứ không phải là chất lượng khoản vay. Nhà kinh tế Mark Zandi đã viết: "... những rủi ro cố hữu trong cho vay thế chấp trở nên phân tán rộng tới mức không ai bị buộc phải lo lắng về chất lượng của bất kỳ khoản vay thế chấp đơn lẻ nào. Khi các khoản thế chấp dễ lung lay được kết hợp lại, pha loãng các vấn đề bất kỳ vào một nhóm lớn hơn, khuyến khích trách nhiệm đã bị làm suy yếu". Ông cũng đã viết: "Các công ty tài chính không chịu sự giám sát quản lý tương tự như các ngân hàng. Những người nộp thuế không phải còng lưng nếu lúc nào họ cũng phưỡn bụng [trước khủng hoảng], chỉ có các cổ đông và chủ nợ khác là như vậy. Do đó có rất ít thứ ngăn cản các công ty tài chính phát triển hung hãn nhất nếu có thể, ngay cả khi điều đó có nghĩa là hạ thấp hoặc làm ngơ các tiêu chuẩn cho vay truyền thống."[6]

Trong một số trường hợp, các tài sản được nắm giữ bởi một CDO chỉ bao gồm hoàn toàn là các phân ngạch lớp vốn cổ phần được phát hành bởi các CDO khác. Điều này giải thích tại sao một số CDO đã trở nên hoàn toàn không có giá trị gì, do các phân ngạch lớp vốn cổ phần được thanh toán cuối cùng theo trình tự và không có dòng tiền đủ từ các khoản vay thế chấp dưới chuẩn cơ sở (phần nhiều trong số đó bị vỡ nợ) để chảy xuống các lớp vốn cổ phần.